Op april 27 zal Activision met het vervolg van Prototype komen. Sergeant James Heller zal voor eens en altijd een einde maken aan het Blacklight Virus.
Blackwatch heeft onderzocht dat het Blacklight virus aangepast kon worden om proefpersonen grote krachten te geven. Zij werden de prototype “supersoldiers.” Super Soldiers zijn groot, sterk, snel en behendig en vormen een groot gevaar voor sergeant James Heller.Prototype 2 zal zich afspelen, 14 maanden na Prototype. Manhattan is afgesloten van de andere delen van New York en word New York Zero genoemd. Andere delen van New York zijn opgedeeld in 3 zones, de groene zone, de gele zone, en de rode zone. De zone kleuren staan voor de ernst van het Blacklight Virus infectie per zone. Alex Mercer woont in de rode zone, ook wel Manhattan. Het virus heeft daar de vrije loop en mutaties zijn veel voorkomend. De gele zone is vooral een zone waar de arme mensen leven, het virus leeft er maar is niet een groot gevaar. De groene zone is een virus-loze zone, maar het wemelt er van de Blackwatch. James Heller moet zich een weg banen door de zones. Prototype 2 zal op de PlayStation 3, Xbox 360 en PC* verschijnen. *PC versie zal later uitkomen dan de Xbox360 en PS3 versie.
